После ссоры между Итачи и некоторыми членами клана, отношения между ним и его отцом начали ухудшаться. Поведение Итачи становилось всё более странным, он начал всё больше и больше отдалятся от клана. В этот период впервые отец Саске решил научить сына Технике Высшего Огненного Шара. Сасукэ научился в совершенстве владеть ею за одну неделю, заслужив первую похвалу от своего отца и совет не идти по стопам старшего брата. Некоторое время спустя Итати истребил всех членов Клана Утиха, оставляя в живых только Саске, говоря ему, что это того не стоит, потому как тот слишком слаб. Также Итачи рассказал Саске, что он владеет Гипнотическим Щяринганом (развитая версия техники) и, чтобы заполучить его, надо убить своего лучшего друга. С того момента у Саске появилась единственная цель в жизни - отомстить за свой клан и убить своего брата.

Закончил Академию ниндзя с лучшим результатом своего выпуска, в селении считается гением. Наруто - это его основной соперник, поскольку считает Саске весьма популярным среди девушек и лучшим студентом. В особенности он нравится Сакуре (в последствии вместе с ней и Наруто формирует Команду № 7 под руководством Какаши), безумно влюблённая в него девушка, у которой все попытки обратить на себя внимание оканчиваются крахом. Наруто в начале знакомства он считает ничтожеством, и не обращает на него никакого внимания. Последний отвечает ему взаимностью, одна из причин этого - именно любовь Сакуры. Также Саске считает их лишним весом, из-за чего первоначально между тремя шиноби не было никакой командной работы. Только со временем они начали сотрудничать, а отношения между Саске и Наруто перосли в конкуренцию, которая повлекла за собой быстрые успехи обоих ниндзя.

В первой серьезной миссии, Саске сразу же демонстрирует свои исключительные достоинства, не уступая двум Чунинам из Селения Тумана присланные убить Тазуну, строителя мостов. Кроме того, на некоторое время ему удаётся бороться наравне с Хаку, ниндзя одарённый огромной скоростью и опасными врождёнными способностями, контролирующими лёд. Именно во время этого боя Саске впервые активизирует Шаринган, глаз в состоянии предусмотреть движения врага и копировать все техники. Также он доказал преданность своим товарищам, готов пожертвовать своей жизнью ради спасения Наруто. После этого приключения с Забузой и Хаку начал видеть в Наруто достойного соперника, а иногда даже и друга.

Связь, которая начинает формироваться между Наруто и Саске, едва замечена Орочимару, разыскивающимся Легендарным Ниндзя предателем Уровня S, который хочет завладеть телом Саске и его Шаринганом. По этому, во время экзамена для повышения в звании до уровня Чунин, ставит Проклятую Метку на шее у Саске, техника, которая насильно извлекает чакру каждый раз, когда даётся установка, причиняя сильнейшую боль и разрушая тело её носителя, но взамен давая ему огромную силу. После окончания второй части экзамена Какаши частично запечатывает метку Орочимару, сила которой может вновь освободиться в зависимости от желания.

После войны между Селением Листвы и Селениями Звука и Песка, старший брат Саске, Итачи, впервые возвращается в свой родной посёлок. Он состоит в организации Акацуки и его цель - поимка Наруто и Девятихвостого Лиса, заточённого в его теле. Однако, прежде чем Итачи нашел их, молодого человека узнаёт Какаши, и атакует его вместе с Асумой, Куренай и Майто Гаем. После того, как Гай позвал членов Команды Анбу, Итачи и его приятель Кисаме вынуждены отступить, но не из страха, а, по утверждению Итачи, дабы не создавать хаос, что стало невозможно после того, как они были узнаны Какаши.

Узнав о возвращении брата, Саске сразу отправляется на его поиски. Итачи вместе с Кисаме уже обнаружили Наруто, когда Саске настиг их и атаковал брата. В ходе схватки становится понятно, что Итачи все еще гораздо сильнее Саске. Объяснив младшему брату, что у него недостаточно ненависти, Итачи вынужден отступить, оставив Саске,в подавленном состоянии. Младший Учиха с этого момента начинает думать, что его навыки со временем совсем не прогрессировали. Кроме того, большие прогрессы Наруто подтверждают это предположение. Используя благоприятный момент, Четвёрка Звука предлагает ему следовать за ними, обещая, что Орочимару даст ему желанную силу. Саске, ослеплённый жаждой мести, соглашается практически без колебаний. На дороге, ведущей из Селения, Сакура пытается остановить его, признаваясь в любви и говоря, что не хочет оставаться одна. Несмотря на это Саске не меняет принятого решения. Сказав Сакуре «Спасибо», он ударом лишает её сознания, чтобы завершить разговор и не дать ей следовать за ним.

Выйдя из Селения, Четвёрке Звука удаётся перевести на второй уровень Проклятую Метку Саске, непомерно увеличивая его силу. В это время Наруто и группу, состоящую из Шикамару, Киба, Чоджи и Нейджи, отправляют возвратить Саске в Селение. Товарищам Наруто удаётся победить членов Четвёрки Звука и Кимимаро не без помощи Темари, Канкуро и Гаары, ниндзя Селения Песка. Наруто удаётся достичь Саске и, чтобы вернуть назад друга, нападает на него, но после жестокого боя терпит поражение от второго уровня Проклятой Метки; ему удаётся только поставить царапину на лобной повязке у Саске. Даже если Саске мог бы убить Наруто для получения Гипнотического Шяринган, решает оставить его в живых, не идя по стопам своего старшего брата, и не находя сил, перед бездыханным и потерявшим сознание Наруто, убить своего лучшего друга.

По сюжету проводится параллель между Наруто, Саске и Орочимару, Джирайя. Саске, так же как и Орочимару, ради получения силы предает свою деревню и своих друзей.

Во второй части манги Саске появляется в 300 главе. Свою личность он сохранил практически нетронутой. Сталкиваясь впервые с Саем, его больше интересует Орочимару, а не новенький. Когда же Сай рассказывает ему о том, что его ищут Сакура и Наруто, Саске показывается довольно-таки безразличным. Также, встречая своих бывших товарищей, остаётся достаточно равнодушным. Объясняя, что он разорвал все отношения со своими друзьями так как это отвлекало его от единственной цели, мести своему старшему брату Итачи; все то что он испытывал однажды теперь уже более не существует. Более того, на этот раз в действительности пытается убить Наруто, но его в последний момент останавливает Сай. И, в конце концов, утверждает что ни он, ни Орочимару не имеют достаточно силы, чтобы победить Итачи, и чтобы достичь задуманное он готов отдать своё тело Орочимару для Техники Бессмертия.

Во время боя с новой командой Какаши Саске демонстрирует свою новую силу. Увеличилась не только его сила и скорость, но и его Шаринган стал более мощным. Ему теперь удаётся увидеть Девятихвостого Лиса внутри Наруто. Демон сразу же узнаёт Шаринган, говоря, что видел его у некого Мадары Учихи. Помимо традиционного оружия сейчас Саске использует катану, похожую на меч Орочимару. Также он усовершенствовал технику Тысяча Ястребов (Чидори), научился выпускать чакру из всего тела и пропускать её по мечу. В момент, когда он использует свою новую технику для убийства всех членов команды, его останавливает Орочимару.

В отличии от Кабуто и других подчинённых Орочимару, которые в знак уважения называют его «Орочимару-сама», Саске обращается к нему без какого либо суффикса. Также он никогда не называл Какаши «сэнсэем» (наставником), что в Японии считается большим неуважением. Несмотря на то что теперь Саске является частью Селения Звука, он не носил лобовую повязку селения, как это делают отдельные подчинённые Орочимару.

Некоторое время спустя Саске появляется в окружении тысячи им побеждённых ниндзя, но Орочимару упрекает его в том, что тот не убил ни одного из них. Кроме того, говорит ему, что для победы над его братом он не должен испытывать никакого сострадания. Некоторое время спустя, вернувшись в своё логово, Орочимару вынужден находиться в постели, потому как его тело начинает отторгаться; используя такой шанс, Саске атакует его, утверждая, что тот уже не сможет дать ему больше ничего нового.

Итак, Саске хочет убить Оротимару. Бой начался, Орочимару превращается в большую белую змею и обманом парализует Саске, после чего начинает ритуал по перемещению разума внутрь тела молодого ниндзя. В это время Саске использует Шаринган, ту же технику, которую когда-то применил Итачи для остановки Орочимару во время такого же ритуала. Следующая глава даёт понять что, всё завершилось в пользу Орочимару, но на вопрос Кабуто: «Кто ты на самом деле?», Саске создаёт иллюзию, где ниндзя-медик вновь переживает весь момент. В умственном измерении ритуала переселения душ Саске экспериментирует свой новый иллюзионный дзюцу, с помощью одной лишь силой мысли выходит из измерения и убивает Орочимару, присвоив всё, чем обладал Саннин.